Церковь трехпрестольная с колокольней была построена на средства купца И.Я. Шилова-младшего в 1852 г. честь Николая Чудотворца. Освящена в том же году архиепископом Камчатским, Курильским и Алеутским Иннокентием, впоследствии митрополитом Московским и Коломенским. В ограде Никольской церкви хоронили умерших горожан всех сословий: от высших чинов областного управления до ссыльных разных категорий. 
В 1873 г. рядом с церковью была построена деревянная колокольня.
В сентябре 1899 г. при церкви была открыта церковно-приходская школа и церковно-приходское попечительство с 50 членами.
Фото Ховарда Сошюрика, 1958 года из журнала «LIFE»»
С 1921 по 1939 гг. храм был передан «коллективу верующих» обновленческой церкви. Согласно указу Президиума Верховного Совета ЯАССР от 11 сентября 1939 г. церковь была закрыта, перестроена и переоборудована и передано на баланс Якутского городского Совета. В нем был размещен партийный архив. В 1980-е гг. республиканский библиотечный коллектор.
Почтовая открытка, 1990-е гг.
В 1993 г. здание передана во вновь образованную Якутскую епархию. Ее посетил патриарх Московский и Всея Руси Алексий П. В том же году произведен капитальный ремонт с заменой части ленточного фундамента, пола. Устранены трещины в стенах. Заменены главки храма и приделов, установлены колокола.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II и епископ Якутский и Ленский Герман в Никольском храме г. Якутска. 1993 г. Фото Л. Андрианова
В октябре 1995 г. состоялось торжественное открытие и освящение восстановленного Свято-Никольского кафедрального собора с размещением в нем кафедры епископа Якутского и Ленского.
В 2005 г. кафедра епископа перемещена в Градоякутский кафедральный Преображенский собор.
Вид храма с западной стороны.
Вид с восточной стороны
Здание каменное, с оштукатуренными стенами, крестообразное в плане, с колокольней, поставленной над западной ветвью креста. Над средокрестием - квадратный в плане объем со срезанными углами, над ним - идентичный объем третьего яруса, завершенный сплющенной главкой. Арочные окна фасадов обрамлены рамочными наличниками с розетками наверху. Углы и выступы объемов отмечены филенчатыми пилястрами. Полукруглые проемы яруса над средокрестием имеют килевидные обрамления, идентичные арочным проемам нижнего яруса звонов колокольни. Со сторон храма примыкают два придела, связанными входами с главным объемом. Габариты церкви 30 х 25 м. Толщина стен составляет около полутора метров.
Вид с южной стороны.
В притворе храме вывешена информация о купце - меценате Иване Яковлевиче Шилове - младшем.
Кенотаф Ивану Яковлевичу Шилову - младшему. По преданию купец - меценат был похоронен «у входа в храм по правую руку».
Кроме того, сохранился подлинный портрет И.Я. Шилова - младшего, написанный 30 марта 1814 года, когда ему было 26 лет. Подлинник картины попал в фонды краеведческого музея, затем в 1945-м её передали в фонд Национального художественного музея РС(Я) где и выставлена в экспозиции.
В 2010-х под руководством Д. А. Трофимова было обновлено внутреннее убранство храма.
Средокрестие храма
Внутренние фрески северной стороны
Иконостас Никольского храма
Внутренние фрески южной стороны
Внутренние фрески западной стороны
Весной 2000 г. в храм были перенесены останки епископа Якутского и Вилюйского Иакова (Домского).
Епископ Иаков (в миру Иероним Петрович Домский). Епископ Якутский и Вилюйский (8 января 1884 — 27 мая 1889). 16 декабря 1883 года определением Святейшего Синода был назначен епископом Якутским и Вилюйским; 8 января 1884 года в Успенском соборе Московского Кремля был хиротонисан во епископа. В 1884 году Святейшим Синодом было принято решение о возрождении Якутской духовной семинарии. За время пребывания на своей кафедре Иаков (Домский) много потрудился для распространения грамотности и христианского просвещения среди местного населения; в 1886 году была создана публичная библиотека-читальня; в 1888 году открыто женское епархиальное училище; в апреле 1887 года вышел первый номер «Якутских епархиальных ведомостей».
Скончался 27 мая 1889 года; был погребён в деревянной Вознесенской церкви Спасского монастыря в Якутске. Стал первым якутским епископом, похороненным в Якутии.
В 1999 г. при проведении земляных работ на территории бывшего Спасского монастыря (ныне — Якутский государственный музей истории и культуры народов Севера им. Е. Ярославского) были обнаружены нетленные останки архиерея вместе с облачением, которые были перенесены в Никольский храм.
Внутренние убранство придела северной части храма.
Внутренние убранство придела южной части храма.
Со временем надгробные памятники кладбища Никольской церкви ветшали, разрушались, могилы сравнивались с землей и над ними появлялись надмогильные сооружения людей последующих поколений. Среди них были ценные в историческом и архитектурном отношении памятники установленные над могилами местных общественных деятелей, дворян, купцов, мещан, казаков и саха.
На некоторых могилах были установлены памятники из чугуна или гранита, изготовленные в центральных городах России и имевшие мемориальные эпитафии. К концу 1930-х гг. стройки города вплотную подошли к ограде кладбища. Для расширения зоны застройки постепенно стали сносить кладбище. В 50-е годы последние остатки кладбища сравняли с землей.
Никольская кладбищенская церковь в начале ХХ в.
Надгробный памятный знак в честь Афанасия Яковлевича Уваровского.
Афанасий Яковлевич Уваровский – автор первого литературного произведения на якутском языке – «Ахтыылар» («Воспоминания»), где на якутском языке поведал миру о народе саха, проживающем в далеком холодном северном краю. Подробно описал быт, нрав, традиции местного населения. Читатель найдет яркое описание одежды, украшений, о летнем празднике Ысыах, красоте природы севера. С великой любовью, восхищением Уваровский рассказал о том, какими выносливыми, доброжелательными, умелыми, добропорядочными людьми были якуты, о своих поездках в Удский край, Бурею, Селенджу, расположенные на территории Хабаровского края и Амурской области, а также поездках в Иркутск, Петербург, об истории написания «Ахтыылар» («Воспоминания»).
Произведение стало основой для изучения якутского языка многими учеными, в т. ч. академиков А. Миддендорфа, О.Н. Бетлинга и др. Впервые опубликовано в 1848 г. на якутском и немецком языках в книге А. Миддендорфа «Путешествие на север и восток Сибири». Сюда вошли также олонхо, перевод финской руны, якутские загадки. В 1851 г. они вошли в фундаментальный труд О.Н. Бетлингка «О языке якутов».
4 октября 2015 г. в г. Якутске на территории Никольского храма установлен памятник «Победы ради потрудившимся», посвященный погибшим в тылу во время Великой Отечественной войны 1941-1945 гг. 2015 год - по мнению авторов создания памятника глубоко символичен тем, что совпали две великие даты в истории народа: 70-летие Великой Победы и 145-летие образования Якутской и Ленской Епархии. И далеко не случайно выбрано место установления памятника - Никольский храм, один из древних церквей Якутска. В основе архитектурной композиции - два мельничных жернова, установленных один на другой. На верхнем жернове надпись: «Во блаженном успении вечный покой подажь, Господи, усопшим рабам Твоим, всем Победы ради потрудившимся и сотвори им вечную память. Өйдүүбүт уонна саныыбыт», с оборотной стороны жернова надпись под православным крестом «Яко да Господь Бог учинит души их идеже праведнии упокояются. Айыы Тойон кинилэр дууһаларын кырдьыктаахтар уоскуланнаах сирдэригэр киллэрэрин туһугар үҥэбит. 1941-1945». Внизу, возле нижнего жернова, на мраморном постаменте прикреплена табличка: «Памятник установлен 4 октября 2015 г. по благословению епископа Якутского и Ленского Романа, при благотворительной помощи народного депутата Республики Саха М. Н. Евсеева, тщанием А. В. Мигалкина, старанием скульптора В. Я. Сивцева. Литье ООО «Благовест»».
Никольская церковь подлежит обязательному сохранению и реставрации как единственный православный храм в Якутии, сохранивший все объемы и декор без утраты за 171 год эксплуатации. Представляет яркий пример северного культового зодчества. Здание Никольской церкви, построенное на вечной мерзлоте, заключает в себе яркий пример северного культового зодчества и имеет оригинальную архитектуру середины XIX в.
Использованная литература:
1. Петров П.П. Градоякутские православные храмы. 1632–2000 гг. – Якутск, 2000.
2. Юрганова И.И. Церкви Якутии. – Якутск, 2008.
3. Крадин Н.П. Архитектурное наследие Якутска. – Хабаровск, 1992.
4. Памятники истории и культуры Якутской АССР. – Якутск, 1980.
Материал подготовили Александр Дьяконов, Алексей Дьяконов. Автор современных снимков Александр Дьяконов.
